一个带着面具的神秘人挟着复仇的狂风席卷而来，他手中掌控着一架制造怪兽的机器，释放出来一批类似于翼龙幽灵、黑暗骑士、凶猛的鬼魂这样危害性极大的妖怪，城镇中的居民整日活于恐慌之中。“秘密公司”的成员决定深入调查这些百年难遇的怪兽到底是基于何种原因一起出现在城镇上的。 沙吉(马修·利拉德饰)和史酷比被留下来驻守在公司；同时，团队中的智多星维尔玛(琳达·卡德林尼饰)则盯上了一个重要的犯罪嫌疑人——罪案博物馆馆长帕特里克·怀兹利(塞斯·格林饰)；而作为领导者的佛瑞德(小弗雷迪·普林兹)及达芙妮(莎拉·米歇尔·盖拉饰)也一直在为找出为城镇带来毁灭性浩劫的神秘人物是谁而努力……
