创圣纪0011年,地球上的人类由于11年前的大异变,失去了三分之二的人口。南极冰层溶化,使被认为1万2千年前已被灭亡的有翼种族「堕天翅族」亚特兰蒂亚再次苏醒。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,去捕获人类的生体能源「Purana」。人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身。
